En un futuro cercano, la humanidad ha sido derrotada por los parásitos virales llamados Gastrea. Aterrorizados y viviendo en una absoluta desesperación durante más de diez años, los humanos se atrincheran en un territorio muy reducido tras una serie de monolitos de varanio –el único metal capaz de contener a los Gastrea– y gracias a la protección de las Compañías de Seguridad Civil, cuyo objetivo no es otro que luchar contra los Gastrea.

En este mundo atrapado en la más profunda oscuridad, pronto, las chicas (sólo las afecta a ellas) que nacieron con el virus Gastrea y que consiguieron habilidades superhumanas provocadas por el mismo, son descubiertas y llamados «niñas malditas». Éstas, sin embargo, son formadas por la Compañía para liderar los equipos de lucha contra los Gastrea.

De este modo, Rentaro Satomi, un chico que vive en las proximidades de Tokyo y que forma parte de una Compañía de Seguridad Civil, se encarga de llevar a cabo un mano a mano con la iniciadora Enju Aihara y bajo la protección y la dirección de Kisara Tendo, algunas de las tareas más peligrosas de la misma, las cuales les son encargadas por el Gobierno. Juntos, en este mundo distópico, luchan usando sus peculiares poderes hasta que un día reciben una tarea especial por parte del Gobierno. Y esta misión secreta no es otra que conseguir evitar la destrucción de Tokyo tras la invasión de la ciudad por parte de los Gastrea.