Fullmetal Alchemist trata sobre Edward y Alphonse Elric, dos hermanos que viven en el país de Amestris, un estado militarizado por completo (el jefe del estado es el jefe del ejército), en un mundo donde la alquimia es algo cotidiano, dándole un trasfondo fantástico a la obra. Por otro lado, existe también la tecnología de los implantes automails, por lo general brazos y piernas, que sustituyen miembros perdidos, que otorgan un toque de ciencia ficción. Estos dos hechos son relevantes, ya que ambos hermanos son alquimistas, pero además, Ed tiene automails en sustitución de su brazo derecho y su pierna izquierda. Al es sólo un alma vinculada mediante alquimia a una armadura. Este es el castigo que ambos hermanos sufrieron al tratar de resucitar a su madre mediante la alquimia. Este es eje central sobre el que se desarrolla la obra: el cómo ambos hermanos tratan de recuperar sus cuerpos, buscando para ello la mítica piedra filosofal. A medida que avance la obra, conocerán a gente con intereses similares, algunos amigos, pero sobre todo enemigos, y surgirán muchísimos problemas.